Este în prezent organistul titular al orgii Cavaillé-Coll din Biserica St. Ouen din Rouen. Născut în 1984 în Franța, a început să studieze pianul și orga la 12 ani și a început École Nationale de Musique din Dieppe la 13 ani, apoi a început Conservatoire National de Région din Rouen la 15 ani. În 2002, la 18 ani, a câștigat premiul I acordat în unanimitate de juriul celei de-a IV-a ediții a concursului pentru tineri organiști prezidat de Marie-Claire Alain și a primit diploma de licență în muzică (Diplôme d'études musicales régionale). În 2003 i-a fost distins Premiul I de perfecțiune în orgă.
A câștigat admiterea la Conservatorul Național Superior de Muzică din Paris în 2004, la vârsta de 19 ani și a fost distins cu Premiul I de excelență la orgă. În mai 2007, a primit diploma de master (Diplôme de Formation Supérieure) în orgă, cu distincție de primă clasă, la clasa lui Olivier Latry și Michel Bouvard, înainte de a-și îmbunătăți abilitățile alături de Bernhard Haas la Hochschule für Musik din Stuttgart. A participat de mai multe ori între 2003 și 2005 la cursurile de master susținute de Jean Guillou la Zürich, Tonhalle și la Biserica St. Eutasche (Paris) în 2007. Din 2004 până în 2014 a fost asistentul lui Jean Guillou la Biserica St. Eutasche.
Ca solist, cântă în mod regulat cu ansambluri sau orchestre din întreaga lume. De asemenea, a concertat în locuri precum: La maison de la radio din Paris, Filarmonica din Berlin, Teatrul Mariinsky din Sankt Petersburg, Naumbourg, Piacenza, Ostrava, Viena, Sydney, Londra, Kiev, Kazan și în SUA la New York, Cleveland, New Orleans, Boston. În 2010 a reușit crearea muzicii pentru Macbeth de Jean Guillou în cadrul unui turneu japonez (Sala de concerte Kyoto, Sala de concerte Nagoya) sub supravegherea lui Masaru Sekine. Curând după aceea, a fost numit artist în rezidență în Catedrala St. Louis, New Orleans. În 2011 a susținut un concert ca solist cu Orchestra Filarmonicii din Louisiana, iar în 2014, a susținut un concert la Österreichischer Rundfunk din Viena (Austria), transmis în direct.
Pe lângă activitățile sale concertistice, Jean-Baptiste Monnot a predat orgă la Conservatorul Mantes-la-Jolie între 2012 și 2016 și a fost numit organist titular al orgii istorice Joseph Merklin a colegiului până în 2017. Din 2020 până în 2021 a predat interpretarea organistică la IMEP (Institutul Regal Superior de Muzică și Pedagogie) din Namur (Belgia).
El este, de asemenea, creatorul și interpretul principal al Orgue du Voyage, o orgă modulară și transportabilă.
Din 2015, Jean-Baptiste Monnot este organist titular la marea orgă Aristide Cavaillé-Coll la Biserica St. Ouen din Rouen, unde susține în fiecare vară un masterclass internațional. Din 2019, este și director artistic al Festival des Orgues Cavaillé-Coll (Festivalul de orgă Cavaillé-Coll).